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Overview

DataSet T1

DateSet T1 Alingment Algorithm Settings Algorithms
Figure Truth TopHat2 STAR With Gene Models With Gene Models Split output Augustus CLASS Cufflinks FlipFlop IReckon
Ireckon
Figure 4 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 4 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 4 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Midldle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S6 Left
Figure S6 Middle
Figure S6 Right
Figure S14 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S14 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S14 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
DateSet T1 SpliceEvent
Figures Isolasso MiTie SOAP StringTie StringTie-SR Trans-ABySS Trinity Different exon starts/ends Skipped Exons Truncation
Figure 4 Left ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 4 Middle ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 4 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Midldle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S1 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S2 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S3 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S4 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S5 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S6 Left ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S6 Middle ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S6 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S14 Left ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S14 Middle ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S14 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S15 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S16 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

DataSets EP and ER

EP and ER Alingment Algorithm Settings Algorithms
Figure Truth TopHat2 STAR With Gene Models With Gene Models Split output Augustus CLASS Cufflinks FlipFlop
Figure 5 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 5 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S7 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S7 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S8 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S8 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S9 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S9 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S10 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S10 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S11 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S11 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S12 Left
Figure S12 Right
Figure S17 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S17 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S18 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S18 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S19 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S19 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
EP and ER Dataset
Figures Ireckon Isolasso MiTie SOAP StringTie StringTie-SR Trans-ABySS Trinity EnsemblPerfect EnsemblRealistic
Figure 5 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 5 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure 7 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S7 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S7 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S8 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S8 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S9 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S9 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S10 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S10 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S11 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S11 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S12 Left ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S12 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S17 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S17 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S18 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S18 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S19 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figure S19 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

IVT DataSet

IVT Alingment Algorithm Settings Algorithms
Figures Truth TopHat2 STAR With Gene Models With Gene Models Augustus CLASS Cufflinks FlipFlop Ireckon
Figures 6 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures 6 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures 6 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
IVT Dataset
Figures Isolasso MiTie SOAP StringTie StringTie-SR Trans-ABySS Trinity PolyA Ribo Simulated
Figures 6 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures 6 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures 6 Right ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Left ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Middle ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Figures S13 Right ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔